Počátky muzejnictví v Jesenici jsou spojeny se jménem Karla Fibigera. Tento místní učitel a spisovatel shromáždil první sbírku předmětů, vystavovanou tehdy na radnici. K jeho činnosti se později připojili manželé Karel a Hermína Nebeští, kteří se v Jesenici nově usadili. Samotné muzeum bylo oficiálně založeno roku 1959 Fibigerem a Nebeskými. Nebeský se stal jeho správcem. Exponáty byly zpočátku vystaveny ve stejné budově, ve které sídlí muzeum dnes, ovšem pouze v jedné místnosti. Při muzeu působil vlastivědný spolek, zaměřený zejména na práci s mládeží.
V kraji postiženém odsunem Němců nebyla o zajímavé předměty nouze. Nadšencům budujícím muzeum však nešlo ani tak o poznání kultury vyhnaných obyvatel, jako spíše o hledání důkazů „slovanské minulosti“ Jesenice.
V šedesátých letech bylo muzeum přesunuto do rozsáhlejších prostor. Během následujících desetiletí až do pádu socialismu bylo muzeum v nedobrém stavu, expozice nebyly kvalitní ani atraktivní pro návštěvníky. Nejcennější části sbírek byly uchovávány v nevyhovujících podmínkách. V muzeu se nacházely i dermoplastické preparáty živočichů (vycpaniny), téměř žádné se však do dnešní doby nedochovaly. Od devadesátých let spadá muzeum pod správu muzea T. G. M. v Rakovníku.
Na počátku nového milénia bylo muzeum rozšířeno o přírodovědnou regionální expozici, zaměřenou na geologii, dendrologii, botaniku, zoologii a také na medicínské využití rostlin. Skutečnou zoologickou raritou je preparovaný plameňák chilský, který se u Jesenice objevil v roce 1980, následně byl odchycen a chován zde v zajetí několik let.
Vlastivědné muzeum je dokladem toho, že i po druhé světové válce fungovala v Čechách činnost regionálních vlastivědných a vědeckých spolků, kterou si obvykle spojujeme spíše s dřívější dobou. I v těžké poválečné době dokázali členové spolku shromáždit cenné sbírky a vybudovat instituci celospolečenského významu.