Naproti domu se nachází kostel sv. Jáchyma, který byl prvním luteránským kostelem postaveným na našem území, neboť Sasko a přilehlé Krušnohoří patřily k evangelickým výspám. Mathesius zde kázal horníkům a snažil se jim přiblížit Bibli skrze prostředí a hodnoty jim známé. V předmluvě ke své Sareptě píše: „Nepředsevzal jsem si v žádném případě horníky a taviče učit…, mým záměrem bylo, aby při své tvrdé práci vzpomínali na Stvořitele…Jsem duchovním horníkem a zůstanu jím tak dlouho, dokud budu žít…“ Do kostela vedly i jeho poslední kroky na nedělní kázání 7. října 1565. Po přednesení kázání mu vypadla při sestupu z kazatelny z ruky Bible. Horníkům, kteří k němu přispěchali na pomoc, prý vyjádřil přání, že chce „domů“. Mínil tím ale již domov trvalejší a definitivní.
V Jáchymově zůstal jeho odkaz živý. Např. i v podobě křesťanského horního řádu, který sestavil, jehož požadavky jsou nadčasové: Když Vám Bůh nadělí rudu, nezapomínejte na školu, kostel a chudé lidi. Kdo je nepoctivý v maličkostech, nebude poctivý ani ve velkých věcech. Kdo stanoví pořádek, ať ho sám také zachovává! Během rekatolizace byl jeho odkaz cíleně mazán z paměti, jeho ostatky byly dokonce rozprášeny za městem. Ale v 19. století byla osazena na jáchymovské radnici první pamětní deska a byly zde pietně uloženy Mathesiův klobouk a hůl, které je dodnes možné shlédnout v muzeu Královská mincovna. Jeho dílo je důležité nejen jako doklad renesančního humanismu v Jáchymově, ale i jako doklad vývoje dějin montánních věd a věd o Zemi.