Počátky muzejních sbírek v Českém Brodě sahají do roku 1893, kdy bylo možné začít odevzdávat zajímavé předměty do redakce místního časopisu Naše hlasy pro vybudování muzejní sbírky. První výstava se konala již roku 1894 a zahrnovala i zeměpisné a geologické oddělení. O úspěchu svědčí i to, že některé objekty byly zapůjčeny i na Národopisnou výstavu českoslovanskou v Praze (1895). Po těchto úspěších se podařilo ustanovit Okresní muzejní jednotu, a to již na konci roku 1895. Prvním předsedou se stal Josef Kebrle. Sbírky byly v pronajatých místnostech poprvé otevřeny veřejnosti roku 1906. Činnost Jednoty byla ochromena první světovou válkou, byla však úspěšně obnovena roku 1920. Během dvacátých let se navzdory finančním potížím podařilo (i díky příspěvkům mecenášů) postavit současnou secesní budovu, která byla zpřístupněna návštěvníkům v roce 1931. Během třicátých let byly získány knížecí lichtensteinské sbírky (patrně z panství Kostelec nad Černými lesy). Za druhé světové války byla část sbírek a archiválií zachráněna díky radikálnímu kroku – jejich zazděním v suterénu budovy. Po válce nastal velký rozkvět činností spojených s muzeem, často bohužel silně politicky zabarvených. Bitva u Lipan byla vykládána pohledem národnostní a třídní ideologie, stejně jako celé husitské hnutí. Podlipanské muzeum se tak stalo místem prezentace státní doktríny.
V roce 1966 se stalo součástí Regionálního muzea v Kolíně.
Sbírky muzea čítají v současné době asi 40 tisíc předmětů.
Velkým dobrodincem muzea se stal Josef Zounek (1856–1927), statkář, cestoval, sběratel, včelař a kaktusář. Slušné finanční zázemí mu umožnilo podniknout roku 1910 cestu na Balkán a Blízký východ, kde získal své rozsáhlé sbírky (zejména numismatickou, archeologickou a egyptologickou). Numismatickou kolekci věnoval Národnímu muzeu v Praze, zbytek předmětů, včetně mumifikovaných zvířat, získalo Podlipanské muzeum.
