Otomar Novák byl od mládí ovlivněn svým strýcem, geologem Karlem Feistmantelem, který patřil k okruhu Národního muzea. Jako student paleontologie nastoupil k Antonínu Fričovi a stal se jedním z prvních členů proslulé Fričovy „muzejní školy“, ze které později vzešly osobnosti jako J. Velenovský, F. Počta, J. Perner, J. Kořenský a další. Zřejmě okolo roku 1874 byl uveden Fričem k Joachimu Barrandovi, který pracoval jako nezávislý badatel mimo akademickou půdu. Barrandovo paleontologické dílo popisující prvohorní zkameněliny zůstává dodnes největším vědeckým dílem jednotlivce. Barrande, který se jinak společnosti spíše stranil, si Nováka oblíbil. Skromnost, píle a přesnost byly jejich společnými vlastnostmi. Barrande Nováka také podporoval ve studiu a podporoval ho v dokončení doktorátu. Na promoci (1879) mu byl jediným hostem. Poslední svazky Barrandova Silurského systému byly jejich společným dílem. Barrandovo dílo bylo psáno francouzsky a pro svou obsáhlost (22 svazků Système silurien du centre de la Bohême, v nichž popsal více než 3 500 druhů) bylo málo čtené. Z Fričovy iniciativy vyšly Novákovy přehledy Barrandova díla v češtině na stránkách časopisu Vesmír [O trilobitech čili Korýších trojlaločných (Trilobita) českého útvaru silurského, Přehled nejdůležitějších rodův českých trilobitův, jež byl Jach. Barrande popsal]. Novák, ač generačně mladší, byl loajální i k Barrandově svérázné teorii kolonií, kterou jinak většina soudobých vědců považovala za mylnou. Novák se ale, stejně jako Barrande, věnoval preciznímu popisu a srovnávání fauny, nikoliv vývojovým teoriím. Jeho objevy byly významné pro stratigrafii prvohor bez ohledu na jeho postoj k otázkám vývoje druhů.
Novák se celoživotně potýkal se zdravotními a existenčními problémy. Většina jeho nevelkého platu padla na výzkum, zahraniční cesty a nákladná vyobrazení na litografických tabulích. Postupující tuberkulóza i finanční nesnáze způsobily rozvrat jeho manželství. Bydlel a přednášel v bytě ve Spálené ulici, kam byly po rozdělení Pražské univerzity na českou a německou část v roce 1882 přesunuty některé obory. V roce 1883 umírá Barrande a přenechává svou obsáhlou sbírku i s knihovnou Národnímu muzeu, Novák se stává správcem těchto sbírek a je pověřen dokončením části Barrandova díla týkající se graptolitů, korálnatců a mechovek. Tato práce zůstala nedokončena, A. Frič později zakoupil od dědiců alespoň rozpracované části. (Barrandovo dílo posmrtně dokončili především W. H. Waggen, J. J. Jahn, F. Počta a J. Perner.) Novák pak působil jako asistent Jana Krejčího na pražské technice, přednášel místo něj geologii, zatímco Krejčí byl povolán jako profesor do nově vzniklé české části pražské univerzity. Novák v existenční tísni žádá o místo mimořádného profesora. To mu sice bylo přiděleno, ale bez honoráře. Z této situace ho paradoxně vysvobodil odchod jeho přítele a učitele Jana Krejčího, který zemřel v roce 1887, a po němž Novák převzal stolici geologie na pražské univerzitě.
Podle vzpomínek žáků byl Otomar Novák nejen výjimečným badatelem, ale i obětavým pedagogem. Po roce 1890 se jeho zdravotní stav prudce zhoršil. O dva roky později umírá v Litni v Českém krasu, v péči své rodiny, blízko nalezišť, která mu byla celoživotním zdrojem poznání.
Horný, R.; Vaněk, S.: Lovec trilobitů v prvohorních mořích. Otomar Pravoslav Novák, žák a pokračovatel Barrandův. Vesmír 82. 2003. s. 77–80.
Kettner, R.: Geologické vědy na pražských školách. Univerzita Karlova. Praha 1967, s. 77–79.
Matoušek, O.: Dějiny československé geologie. Mladá generace československých přírodovědců a zeměpisců. Praha 1935.