Jan Evangelista Purkyně se narodil v severočeských Libochovicích, kde strávil i část svého dětství. V deseti letech odešel na piaristické gymnázium do Mikulova a připravoval se na dráhu učitele. Brzy ale z řádu vystoupil a rozhodl se pro univerzitní studium filozofie a přírodních věd. Po ukončení studia působil krátce jako vychovatel ve šlechtické rodině na zámku v Blatné a posléze pokračoval ve studiu medicíny. Po promoci nastoupil jako asistent na lékařskou fakultu. Zde zaváděl experimentální metodu do zkoumání smyslových tkání a funkcí. Na přímluvu důležitých osobností své doby, mj. i Goetha či berlínského profesora fyziologie Rudolphiho, získal Purkyně v roce 1823 místo profesora fyziologie v (tehdy pruské) Vratislavi. Zde setrval až do roku 1849. Vratislavské období je spjaté s mnoha objevy. Za pomoci výkonného mikroskopu zkoumal Purkyně stavbu tkání a svým příspěvkem o složení tkání z buněk s jádry se stal spoluzakladatelem cytologie. Mnoho jeho objevů nese dnes jeho jméno. Hovoříme o Purkyňových vláknech v srdci, Purkyňových buňkách v malém mozku, Purkyňových obrázcích tvořených odrazem světla na sítnici oka atd.
Purkyně byl všestranným badatelem. Vyjma funkce smyslů a stavby tkání přispěl svým pozorováním vývoje ptačího vejce k rozvoji embryologie, zajímal se o funkci spánku, pod vlivem německých romantických naturfilozofů uvažoval o jednotícím duchovním principu, který stojí za vším světovým dějstvím. Předložil hypotézu Zeměducha, jakéhosi duchovního činitele, který organizuje život Země a oduševňuje její součásti – včetně člověka a lidstva – a pozvedá se postupně k splynutí se Všehoduchem, organizátorem celého Vesmíru. Zemi chápal jako organismus, který vnímá a myslí a v člověku (zvláště tedy v učencích) dospívá sám k sobě a poznává svou vlastní duchovní podstatu. Purkyně považoval vědu a poznávací činnost za prostředek evoluce a zdokonalování Zeměducha k vlastnímu vědomí.
Po celou dobu svého pobytu ve Vratislavi Purkyně sledoval a aktivně se podílel na formování vědeckého a intelektuálního života v Čechách: zakládal Matici českou (1832), přispíval do Časopisu českého muzea, udržoval čilé vědecké styky s českými kolegy, překládal, spolupodílel se na etablování slavistiky ve Vratislavi. Do Prahy se vrátil jako jednašedesátiletý v roce 1849 a začal zde přednášet na univerzitě (česky i německy), budoval fyziologický ústav. Vlastní vědecká práce však ustoupila do pozadí na úkor společenské angažovanosti – podporoval společenské dění, založil časopis Živa, působil v Královské české společnosti nauk, pořádal osvětové přednášky. Též byl zvolen poslancem zemského sněmu, od roku 1862 vydával Časopis lékařů českých (první český odborný lékařský časopis). Na úplném konci života byl povýšen do rytířského stavu. Zemřel v Praze dne 28. 7. 1869.