Z oblasti přírodních věd se Bedřich Všemír Berchtold nejintenzivněji soustředil na botaniku, jíž věnoval pozornost také při svých četných výzkumných cestách do blízkých i vzdálených krajů. Botanická záliba hraběte Berchtolda vedla nejen k objevu mnoha nových rostlinných druhů, ale také k úzké spolupráci s Janem Svatoplukem Preslem a jeho bratrem Karlem Bořivojem, jejichž botanické publikace Bedřich Všemír Berchtold také finančně podporoval. Intenzivně se hrabě Berchtold soustředil na hospodářskou botaniku – v roce 1836 vydal například společně s dalšími botaniky knihu Ökonomisch-technische Flora Böhmens (Ekonomicko-technická květena Čech). K důležitým Berchtoldovým publikacím tohoto druhu patří také jeho spis o bramborách z roku 1842 Die Kartoffeln. (Solanum tuberosum C. Bauh.) Deren Geschichte, Charakteristik, Nützlichkeit, Schädlichkeit, Kultur, Krankheiten etc., mit ausführlichen Angaben ihrer industriellen Anwendung [Brambory. (Solanum tuberosum C. Bauh). Jejich historie, charakteristika, užitečnost, škodlivost, kultura, nemoci, atd., s podrobnými údaji jejich průmyslového použití], v němž poukazuje z nejrozmanitějších perspektiv na významnost této rostliny. Zajímavé přírodovědné exponáty a rostliny, které hrabě Berchtold během svého života nashromáždil, jsou dnes uloženy jak v Národním muzeu v Praze, tak jsou také součástí expozice na hradě Buchlov. Toto místo se stalo jeho útočištěm v posledních letech jeho života a zde také v roce 1876 umírá.
Hanuš, J.: Národní museum a naše obrození. 1. díl. Praha 1921, s. 261–262.
Hanuš, J.: Národní museum a naše obrození. 2. díl. Praha 1923.
Hoffmannová, E.: J. S. Presl, K. B. Presl. Praha 1973.
Koleška, Z.: Berchtold Bedřich Všemír 25.10.1781–3.4.1876. In: Biografický slovník českých zemí 4. Praha 2006, s. 437─438.