Novopacké muzeum bylo založeno v roce 1908 členem městské rady, učitelem Františkem Jirůtkem (1864─1938). Ten se spolu s ostatními členy rady a místními patrioty podílel na úspěšných výstavách v okolí i v hlavním městě a vlastní novopacké muzeum se mělo stát důležitou výstavní institucí v regionu. První exponáty muzea darovali sami obyvatelé, případně byly získány z dalších soukromých sbírek. Nejvýznamnější se postupně staly přírodovědné sbírky, kterým dnes dominují především mineralogická a petrologická sbírka. Většina z cca 6 500 exponátů těchto sbírek přitom pochází z okolí Nové Paky a Podkrkonoší. Pro návštěvníky jsou velmi zajímavé například broušené polodrahokamy nebo zkamenělé dřeviny prvohorních stromů, kterými je Novopacko a Podkrkonoší proslulé. Muzeum tak disponuje i největším zkamenělým stromem v ČR, který si mohou návštěvníci prohlédnout v plné velikosti 8,3 m v rámci zdejší geologické sbírky. Pravěká flóra je tu dále zastoupena přesličkami, kapradinami i jehličnany a je jednou z největších na našem území. Z minerálů jsou ve sbírce hlavně acháty a jaspisy, ametysty, křišťály a další drahé kameny. Součástí mineralogické sbírky, tzv. Klenotnice, jsou i šperky vyrobené ze zdejších minerálů.
