Již od počátku své existence byla oddělení zahrady přizpůsobena potřebám vyučování a pěstování hospodářských a hospodářsko-průmyslových rostlin. Součástí zahrady tak byla i pokusná a zkušební pole, zelinářská zahrada a ovocná a lesnická školka. Počátky existence zahrady jsou spojeny s působením pomologa Karla Němce (syna spisovatelky Boženy Němcové), který v Táboře vyučoval zahradnictví mezi lety 1870–1896. Nejvýznamnější období nastalo při stavbě nové budovy školy v roce 1903, při kterém byla zahrada částečně přemístěna a přebudována podle originální koncepce Františka Bubáka (1866–1925). Zatímco standardním řešením v botanických zahradách bylo členění rostlin do skupin podle čeledí (botanický systém), Bubák rozčlenil rostliny na záhonech podle zemědělského a průmyslového využití (hospodářský systém). Ve své době se jednalo o světový unikát, který spolu s množstvím pěstovaných rostlin zařadil táborskou zahradu mezi významné instituce. Hospodářský systém je zachován dodnes. Druhou část zahrady tvoří arboretum, založené na ploše 1,5 ha rovněž v roce 1903. Návštěvníci tu najdou domácí i exotické druhy. Dominují listnaté dřeviny, v západní části se nachází skupina jehličnanů. Dřeviny jsou vysázeny tak, aby tvořily různá společenstva (Krkonoše, Alpy, Šumava, lužní les, smíšený les, olšina, rašeliniště), kterým odpovídá i výsadba v bylinném patře. Součástí arboreta je malé jezírko a alpinum (skalka). Přestavba botanické zahrady trvala 10 let, přičemž v tomto období byla též zintenzivněna výměna semen s botanickými zahradami po celém světě. Po roce 1919, kdy byla založena Vysoká škola zemědělská v Brně (jejímž prvním rektorem se stal František Bubák), již nedošlo k další periodě masivního rozvoje zahrady. Složité období nastalo po roce 1975, kdy byla zahrada přeťata panelovou komunikací, která měla provizorně sloužit jako obchvat při opravě jedné z hlavních ulic v centru města. Toto dopravní řešení poškodilo hospodářský systém zahrady a vydrželo v provozu dlouhých 15 let. Ačkoliv byla panelová silnice v roce 1990 odstraněna, bylo scelení zahrady nadále v ohrožení, neboť hrozila opětovná výstavba (nyní již trvalé) komunikace. Spory o stavbu ukončilo až (historicky první) místní referendum v roce 2000. Ve dvou nevelkých sklenících se pěstuje množství tropických a subtropických druhů rostlin, orchideje, mučenky, palmy, banánovníky, kaktusy a další sukulentní rostliny, je zde i sbírka masožravých rostlin. Mezi vzácnosti botanické zahrady patří welwitschie podivuhodná (Welwitschia mirabilis) a wolemie vznešená (Wollemia nobilis).